在海水淡化水的储存和配送过程中保持水质，并不仅是淡化水所面临的挑战，对传统水资源的储存和配送来说，这也是必须面对的问题。

储存和配送过程中维持水质取决于若干因素，包括：

①支持浮动或附着细菌生长的可生物降解的有机物和微量营养素的量；

②限制铁、铅和铜释放的化学平衡；

③残留氧化剂的维持；

④是否有可附着的表面及其特性，特别是管道和水库的表面及是否存在腐蚀；

⑤维护管道和水库的完整性；

⑥生长条件，如停留时间、水力条件和温度。

世界卫生组织的自来水安全指南为降低风险设立了框架，以限制与自来水配送相关的健康风险，这些原则同时也适用于海水淡化水。对水质的关注应从微生物再生长、消毒副产物的形成和控制管道腐蚀方面考虑。